生物信息学分析步骤(生物信息学分析是做什么)

生物信息学分析,生物信息学分析步骤?

Thop1影响ERK1/2的磷酸化从而影响大鼠胚胎干细胞的多能性退出的过程示意图

近日,南开大学药物化学生物学国家重点实验室帅领研究员课题组利用携带多能性基因报告系统的大鼠单倍体胚胎干细胞筛选发现,敲除Thop1可以抑制ERK1/2的磷酸化从而阻碍大鼠胚胎干细胞的多能性退出(随机分化)。该研究成果不仅证明单倍体遗传筛选系统在研究大鼠胚胎干细胞自我更新或多能性的机制方面显现巨大优势,还为多能性维持和退出的机制研究提供了新的理论依据。

大鼠是生物医学和药物研究中重要的模式动物。其胚胎干细胞(具有多分化潜能和无限扩增的能力)的问世,极大地推动了再生医学和临床前药物筛选等领域的发展。然而,大鼠胚胎干细胞体虽然在体内分化过程中呈现良好的发育潜能,但是其体外分化往往难以实现。

帅领介绍,拟胚体是一种经典的诱导胚胎干细胞分化的方法,其过程与干细胞的体内分化类似。与小鼠胚胎干细胞不同,大鼠胚胎干细胞会在体外通过形成拟胚体并启动分化时迅速死亡,形成拟胚体的效率也远低于小鼠胚胎干细胞。

“最主要的原因就是大鼠胚胎干细胞多能性退出机制不明确,分化的精细调控难以把握,这样极大限制了大鼠胚胎干细胞在药物筛选(临床前药物筛选是严格的体外实验)等研究中的应用。因此,探索大鼠胚胎干细胞在体外随机分化中的关键调控因子及其网络显得尤为重要。”帅领说。

这项工作中,帅领课题组利用piggyBac转座子对大鼠单倍体胚胎干细胞进行全基因组突变,并获得了覆盖全基因组的高通量突变库。随后,又在Rex1-GFP报告系统的指导下通过随机分化找到大鼠胚胎干细胞分化延迟的目的突变库。最后,通过高通量测序与生物信息学分析,揭示大量影响随机分化各种途径相关的突变基因。

在此基础上,研究人员通过基因编辑等一系列实验证实了筛选所得代表基因Thop1可以通过影响ERK1/2的磷酸化来调控大鼠胚胎干细胞的多能性退出。在随机分化的培养条件下,敲除Thop1可以明显延缓大鼠胚胎干细胞的分化进程,同时与野生型相比,ERK1/2的磷酸化水平明显降低;反之,在正常的干细胞培养条件下,过表达Thop1则促进了大鼠胚胎干细胞的分化,同时升高了ERK1/2的磷酸化水平。

“我们的研究工作不仅证明了单倍体遗传学筛选系统在研究大鼠胚胎干细胞自我更新和多能性调控机制方面的巨大优势,还为大鼠胚胎干细胞多能性维持和退出的机制研究带来新思路。”帅领说。

3月11日,介绍该成果的论文在线发表于学术期刊《细胞增殖》(Cell Proliferation)上。南开大学药学院博士研究生徐玫、赵乙丁,药物化学生物学国家重点实验室张文豪博士为论文共同第一作者。药物化学生物学国家重点实验室帅领研究员、高倩博士为论文共同通讯作者。该研究工作受到国家重点研发计划、国家自然科学基金和瑞士Ferring生殖药物研发基金等项目资助。

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网友提问:

生物信息学分析,生物信息学分析是做什么?

生物信息学考研或者就业是不是都很难啊?

优质回答:

生物信息学是生物领域里最好找工作的专业吧,我也在学习生物信息学, 现在国内华大基因,诺禾致源等生信公司每年都会招很多生物信息学分析工程师,待遇要比做实验的好很多。

通过学习生物信息学学好编程和数据分析技能,以后想转行也可以做程序员或数据分析师转行到互联网或金融领域工作。

其他网友观点

对生物医学工程不太了解,但是我个人觉得生信是生命科学类里面唯一一个不算坑的。还有,生信不是编程吗,我之前做蛋白分类,主要用的就是sklearn(python机器学习的包)里面的东西,你们那里的生信和弱电有什么关系?我个人认为所有生物实验类的都不如生信,我自己是植物的,要养植物,要做分子实验,失败了有可能要重新开始做实验。有个朋友是西交医学院的,有次见她发状态说还没来得及用老鼠做实验,老鼠就全部死了。生物实验有时候很看运气,外界条件决定很多东西。

生物实验失败了你要全部重新开始,生信分析跑断了,改改代码就重新跑了,可以从中间开始,但是生物实验可没有存档一说,失败了重新来过。

考研难不难这个看情况,你在华科争取保研最好,实在不行考本校研究生挺容易的,你去考清北当然难,对吧。出来工作,咱们生科类普遍不高,生信你做的好,说不定可以转计算机,当让,这个看你个人,你还年轻,来得及为转行努力。

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