引物的长度一般为多少?
一般引物长度为18~30碱基。总的说来,决定引物退火温度(Tm值)重要的因素就是引物的长度。有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。
在引物长度小于20bp时:[4(G+C)+2(A+T)]-5℃
在引物长度大于20bp时:62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃
另外有许多软件也可以对退火温度进行计算,其计算原理会各有不同,因此有时计算出的数值可能会有少量差距。为了优化PCR反应,使用确保退火温度不低于54℃的短的引物可获得好的效率和特异性。
延伸阅读
ssr引物设计原则和注意事项?
引物自身及引物之间不应存在互补序列。连续互补的碱基应该要少于4 个。引物
应使其△G 值不要太高,△G 值越大,则双链越稳定。
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引物长度和GC 含量要适中。引物长度大概为18~28 bp,但不应大于38 bp,引物过短会影响到扩增的特异性,太长的话其延伸温度将会大于74 ℃,不利Taq 酶的催化反应。若扩增产物为4~5 kb,引物最好不要少于24bp;如果目的产物≤500 bp,引物长度只要16~18 bp 即可。上下游引物间的Tm 值的差值最好在10 ℃以内,GC 含量最好是40%~60%。
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3′端不应该存在相似性高的序列,否则容易导致错配。3′端不能有多于3 个连续的G 或C,要不然引物错配会在GC 富集区。
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引物3′端不能修饰,5′端可以修饰,还尽量要避开密码子第3 位。同时要注意选择3′端△G 值相对较低,5′端和中间△G 值较高的引物。
PCR过程,引物?
PCR的技术的主要步骤及PCR引物设计的一般原则分述如下: PCR的技术的主要步骤:
1、DNA变性:(90℃-96℃):双链DNA模板在热作用下,氢键断裂,形成单链DNA。
2、退火:(60℃-65℃):系统温度降低,引物与DNA模板结合,形成局部双链。
3、延伸:(70℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右,活性最佳)的作用下,以dNTP为原料,从引物的3′端开始以从5′→3′端的方向延伸,合成与模板互补的DNA链。
每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量即增加一倍。
现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度。 2、引物设计的基本原则 1、引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。
2、引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。
ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。
3、引物内部不应出现互补序列。
4、两个引物之间不应存在互补序列,尤其是避免3 ′端的互补重叠。
5、引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%,引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列,否则易导致非特异性扩增。
6、引物3‘端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,最佳选择是G和C。
7、引物的5 ′端可以修饰。
如附加限制酶位点,引入突变位点,用生物素、荧光物质、地高辛标记,加入其它短序列,包括起始密码子、终止密码子等。
pcr产物大小与引物大小的关系?
PCR 扩增序列长度和设计引物长度没有太多必然联系(用 15bp 引物扩增 9K+的序列也 没有任何问题) ,使 Tm 值一定小于 72°C,1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp; 2、引物度GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值。
pcr引物产物长度控制在多长合适?
一般而言为了确保引物与模板专一性结合,引物长度以18bps以上为宜,最短最好不要低于15bps。
但是如果引物过长,则引物内部容易形成二级结构,引物之间也容易形成二级结构,这样反而会影响pcr扩增的效果。
因此,一般普通pcr引物以16—25bps长度最好,既最大限度确保扩增特异性,有尽可能防止引物内部或引物之间形成二级结构,影响扩增效果。。
pcr反应反应引物设计原则是什么?
. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。
2. 引物长度一般在15~30碱基之间。
3. 引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃。
4. 引物3′端要避开密码子的第3位。
5. 引物3′端不能选择A,最好选择T。
6. 碱基要随机分布。
7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。
8. 引物5′端和中间△G值应该相对较高,而3′端△G值较低。
9. 引物的5′端可以修饰,而3′端不可修饰。
10. 扩增产物的单链不能形成二级结构。11. 引物应具有特异性。
pcr反应名词解释?
PCR 反应指的是主要由寡核苷酸(引物)、4 种dNTP、Taq DNA 聚合酶、靶序列DNA 和PCR 反应缓冲液体系组成的反应。
设计PCR 反应时要做到以下几个方面:
(1)引物长度- 一般15~ 30碱基,过短则特异性低; 过长则会引起引物间的退火而影响有效扩增。
(2) 避免内部二级结构,避免序列内有较长的回文结构,使引物自身不能形成发夹结构。
(3) G/C 和A/T 碱基均匀分布,G/C 含量在45%~ 55% 之间,引物碱基序列尽可能选择碱基随机分布,避免嘌呤、嘧啶的连续排列。
(4) 要避免两个引物间特别是3′ 末端DNA 序列互补以及同一引物自身3′ 末端的序列互补,使它们不能形成引物二聚体或发卡结构。
设计引物注意事项?
1. 引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 (22)bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应。
2. 碱基要随机分布。引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(False priming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,如GGG或CCC,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。
3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。
“引物”的具体介绍是什么?
RNA引物(RNA primer),是一小段单链DNA或RNA,长度大约为10个(5~15个)核苷酸,作为DNA复制的起始点,存在于自然中生物的DNA复制,引物(DNA,RNA的) primer 指在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯链形式进行合成,因此引物的3′-OH,必须是游离的。